Index: /trunk/ppSim/src/ppSimCreate.c
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--- /trunk/ppSim/src/ppSimCreate.c	(revision 14366)
+++ /trunk/ppSim/src/ppSimCreate.c	(revision 14367)
@@ -31,4 +31,5 @@
         return NULL;
     }
+    file->save = true;
 
     pmFPALevel phuLevel = pmFPAPHULevel(file->format); // Level at which PHU goes
Index: /trunk/ppSim/src/ppSimLoop.c
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--- /trunk/ppSim/src/ppSimLoop.c	(revision 14366)
+++ /trunk/ppSim/src/ppSimLoop.c	(revision 14367)
@@ -668,4 +668,6 @@
 
                 readout->data_exists = true;
+                readout->parent->data_exists = true;
+                readout->parent->parent->data_exists = true;
                 psFree(readout);        // Drop reference
             }