Index: trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c
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--- trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c	(revision 23259)
+++ trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c	(revision 23411)
@@ -94,4 +94,9 @@
                 if (!ppImageDetrendFree (config, view)) {
                     ESCAPE("Unable to free detrend images");
+                }
+
+                // optionally measure CTE by examining the variance in a box
+                if (!ppImageCheckCTE (config, options, view)) {
+                    ESCAPE("Unable to measure CTE");
                 }
             }