Index: trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c
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--- trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c	(revision 35081)
+++ trunk/ppImage/src/ppImageLoop.c	(revision 35531)
@@ -188,4 +188,9 @@
             ESCAPE("Unable to mosaic chip");
         }
+
+        if (!ppImageAuxiliaryMask(config, view, options)) {
+            ESCAPE("Unable to apply auxiliary mask");
+        }
+
         timeDetrend += psTimerClear(TIMER_DETREND);