IPP Software Navigation Tools IPP Links Communication Pan-STARRS Links

Changeset 41161


Ignore:
Timestamp:
Nov 27, 2019, 11:07:45 AM (7 years ago)
Author:
eugene
Message:

add options to include extra header keywords in output FITS binary tables; plug memory leak; accept --no-rc, -norc, -no-rc arguments

Location:
trunk/Ohana/src/opihi/lib.shell
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/Ohana/src/opihi/lib.shell/VectorIO.c

    r40291 r41161  
    110110}
    111111
     112// insert a new header line, return end pointer
     113char *gfits_insert_header_line (Header *header, char *endptr, char *newline) {
     114
     115  if (0) {
     116    char temp1[32], temp2[32];
     117    memset (temp1, 0, 32);
     118    memset (temp2, 0, 32);
     119
     120    if (endptr) {
     121      memcpy (temp1, endptr, 8);
     122    }
     123    memcpy (temp2, newline, 8);
     124    fprintf (stderr, "insert: %s : %s\n", temp1, temp2);
     125  }
     126
     127  /* find the END of the header, if not supplied */
     128  if (!endptr) {
     129    endptr = gfits_header_field (header, "END", 1);
     130    if (endptr == NULL) return NULL;
     131  }
     132
     133  /* is there enough space for 1 more line? */
     134  if (header[0].datasize - (endptr - (header[0].buffer)) < 2*FT_LINE_LENGTH) {
     135    // no, so expand by a full header block (FT_RECORD_SIZE = 32*80 = 2880)
     136    header[0].datasize += FT_RECORD_SIZE;
     137    REALLOCATE (header[0].buffer, char, header[0].datasize);
     138    // re-find the "END" marker, in case new memory block is used
     139    endptr = gfits_header_field (header, "END", 1);
     140    if (endptr == NULL) return NULL;
     141    memset (endptr + FT_LINE_LENGTH, ' ', FT_RECORD_SIZE);
     142  }
     143
     144  /* push END line back 1 */
     145  memmove ((endptr + FT_LINE_LENGTH), endptr, FT_LINE_LENGTH);
     146  memset (endptr, ' ', FT_LINE_LENGTH);
     147
     148  strncpy (endptr, newline, 80);
     149  endptr += FT_LINE_LENGTH;
     150
     151  return endptr;
     152}
     153 
     154static char *rawkeywords[] = {"SIMPLE", "BITPIX", "NAXIS", "PCOUNT", "GCOUNT", "EXTEND", "EXTNAME", "BSCALE", "BZERO", "TFIELDS", "TFORM", "TZERO", "TSCAL", "        ", NULL};
     155
    112156// write a set of vectors to a FITS file (vectors names become fits column names)
    113 int WriteVectorTableFITS (char *filename, char *extname, Vector **vec, int Nvec, int append, char *compress, char *format, int Ntile) {
     157int WriteVectorTableFITS (char *filename, char *extname, Header *extraheader, Vector **vec, int Nvec, int append, char *compress, char *format, int Ntile) {
    114158 
    115159  Header rawheader;
    … …  
    139183  rawtable.header = &rawheader;
    140184  if (!WriteVectorTable (&rawtable, extname, vec, Nvec, format, (compress != NULL))) goto escape;
    141   // NOTE : for compression, the table is constructed in native by order
     185  // NOTE : for compression, the table is constructed in native byte order
    142186
    143187  FTable *outtable = &rawtable;
    … …  
    163207
    164208  if (!append) {
     209    // generate a blank PHU header
    165210    Header header;
    166211    Matrix matrix;
    … …  
    176221  }
    177222
     223  if (extraheader) {
     224    // copy keywords which are not the standard or table keywords
     225    char *buf = extraheader->buffer;
     226    char *endptr = NULL;
     227    for (int i = 0; i < extraheader->datasize; i+= FT_LINE_LENGTH, buf += FT_LINE_LENGTH) {
     228
     229      if (0) {
     230        char temp1[32];
     231        memset (temp1, 0, 32);
     232        memcpy (temp1, buf, 8);
     233        fprintf (stderr, "buffer: %s\n", temp1);
     234      }
     235
     236      for (int j = 0; rawkeywords[j] != NULL; j++) {
     237        if (!strncmp (buf, rawkeywords[j], strlen(rawkeywords[j]))) goto skip_insert;
     238      }
     239      endptr = gfits_insert_header_line (outheader, endptr, buf);
     240      if (!endptr) {
     241        gprint (GP_ERR, "failed to update FITS header with extra keywords\n");
     242        return (FALSE);
     243      }
     244    skip_insert:
     245      continue;
     246    }
     247  }
     248
    178249  // write the actual table data
    179250  gfits_fwrite_Theader (f, outheader);

  • trunk/Ohana/src/opihi/lib.shell/multicommand.c

    r39457 r41161  
    6363
    6464  p = line;
     65  int Nline = strlen(line);
     66 
    6567  done = FALSE;
    6668  status = TRUE;
    … …  
    7476    tmpline = strncreate (p, q - p);
    7577    stripwhite (tmpline);
    76     if (*tmpline) {
     78    myAssert (tmpline, "oops");
    7779
    78       if (bufferPending) {
    79         // flush old messages
    80         ExpectMessage (server, 0.2, &message);
    81         bufferPending = FALSE;
     80    // empty command, free and continue
     81    if (*tmpline == 0) {
     82      free (tmpline);
     83      if (q == line + Nline) {
     84        done = TRUE;
     85      } else {
     86        p = q + 1;
     87        myAssert (p - line <= Nline, "oops");
    8288      }
     89      continue;
     90    }
    8391
    84       status = command (tmpline, &outline, verbose);
     92    if (bufferPending) {
     93      // flush old messages
     94      ExpectMessage (server, 0.2, &message);
     95      bufferPending = FALSE;
     96    }
    8597
    86       if (status == -1) {
    87         if (server) {
    88           // send the command to the server instead
    89           if (!SendMessage (server, "%s", outline)) {
    90             switch (errno) {
    91               case EPIPE:
    92                 gprint (GP_ERR, "server connection has died\n");
    93                 exit (32);
    94               default:
    95                 gprint (GP_ERR, "server is busy...32\n");
    96                 bufferPending = TRUE;
    97                 goto escape;
    98             }
     98    // input tmpline is freed by command
     99    status = command (tmpline, &outline, verbose);
     100
     101    if (status == -1) {
     102      if (server) {
     103        // send the command to the server instead
     104        if (!SendMessage (server, "%s", outline)) {
     105          switch (errno) {
     106            case EPIPE:
     107              gprint (GP_ERR, "server connection has died\n");
     108              exit (32);
     109            default:
     110              gprint (GP_ERR, "server is busy...32\n");
     111              bufferPending = TRUE;
     112              goto escape;
    99113          }
     114        }
    100115
    101           // receive the command exit status
    102           if (ExpectMessage (server, MSG_TIMEOUT, &message)) {
    103             switch (errno) {
    104               case EPIPE:
    105                 gprint (GP_ERR, "server connection has died\n");
    106                 exit (33);
    107               default:
    108                 gprint (GP_ERR, "server is busy...33\n");
    109                 bufferPending = TRUE;
    110                 goto escape;
    111             }
    112           } else {
    113             sscanf (message.buffer, "STATUS %d", &status);
    114           }
    115 
    116           // receive the resulting stderr
    117           if (ExpectMessage (server, MSG_TIMEOUT, &message)) {
    118             switch (errno) {
    119               case EPIPE:
    120                 gprint (GP_ERR, "server connection has died\n");
    121                 exit (34);
    122               default:
    123                 gprint (GP_ERR, "server is busy...34\n");
    124                 bufferPending = TRUE;
    125                 goto escape;
    126             }
    127           } else {
    128             gwrite (message.buffer, 1, message.Nbuffer, GP_ERR);
    129           }
    130 
    131           // receive the resulting stdout
    132           if (ExpectMessage (server, MSG_TIMEOUT, &message)) {
    133             switch (errno) {
    134               case EPIPE:
    135                 gprint (GP_ERR, "server connection has died\n");
    136                 exit (35);
    137               default:
    138                 gprint (GP_ERR, "server is busy...35\n");
    139                 bufferPending = TRUE;
    140                 goto escape;
    141             }
    142           } else {
    143             gwrite (message.buffer, 1, message.Nbuffer, GP_LOG);
     116        // receive the command exit status
     117        if (ExpectMessage (server, MSG_TIMEOUT, &message)) {
     118          switch (errno) {
     119            case EPIPE:
     120              gprint (GP_ERR, "server connection has died\n");
     121              exit (33);
     122            default:
     123              gprint (GP_ERR, "server is busy...33\n");
     124              bufferPending = TRUE;
     125              goto escape;
    144126          }
    145127        } else {
    146           // if no server is defined, we treat an unknown command as an error
    147           status = FALSE;
    148         }       
    149       }
    150     escape:
    151       if (outline != NULL) free (outline);
    152       if (!status && auto_break) done = TRUE;
     128          sscanf (message.buffer, "STATUS %d", &status);
     129        }
     130
     131        // receive the resulting stderr
     132        if (ExpectMessage (server, MSG_TIMEOUT, &message)) {
     133          switch (errno) {
     134            case EPIPE:
     135              gprint (GP_ERR, "server connection has died\n");
     136              exit (34);
     137            default:
     138              gprint (GP_ERR, "server is busy...34\n");
     139              bufferPending = TRUE;
     140              goto escape;
     141          }
     142        } else {
     143          gwrite (message.buffer, 1, message.Nbuffer, GP_ERR);
     144        }
     145
     146        // receive the resulting stdout
     147        if (ExpectMessage (server, MSG_TIMEOUT, &message)) {
     148          switch (errno) {
     149            case EPIPE:
     150              gprint (GP_ERR, "server connection has died\n");
     151              exit (35);
     152            default:
     153              gprint (GP_ERR, "server is busy...35\n");
     154              bufferPending = TRUE;
     155              goto escape;
     156          }
     157        } else {
     158          gwrite (message.buffer, 1, message.Nbuffer, GP_LOG);
     159        }
     160      } else {
     161        // if no server is defined, we treat an unknown command as an error
     162        status = FALSE;
     163      }
    153164    }
     165  escape:
     166    if (outline != NULL) free (outline);
     167    if (!status && auto_break) done = TRUE;
     168
    154169    p = q + 1;
    155170  }

  • trunk/Ohana/src/opihi/lib.shell/startup.c

    r39926 r41161  
    107107      LOAD_RC = FALSE;
    108108    }
     109    if ((N = get_argument (*argc, argv, "--no-rc"))) {
     110      remove_argument (N, argc, argv);
     111      LOAD_RC = FALSE;
     112    }
     113    if ((N = get_argument (*argc, argv, "-norc"))) {
     114      remove_argument (N, argc, argv);
     115      LOAD_RC = FALSE;
     116    }
     117    if ((N = get_argument (*argc, argv, "-no-rc"))) {
     118      remove_argument (N, argc, argv);
     119      LOAD_RC = FALSE;
     120    }
    109121   
    110122    ONLY_INPUT = FALSE;
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.