IPP Software Navigation Tools IPP Links Communication Pan-STARRS Links

Ignore:
Timestamp:
May 21, 2024, 8:50:38 PM (2 years ago)
Author:
hgao
Message:

implement 2D overscan subtraction per cell as configured in OVERSCAN.2D.SUBSET

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • branches/2dbias/ppImage/src/ppImageDetrendReadout.c

    r42382 r42679  
    55#include "ppImage.h"
    66
     7#define ESCAPE(STATUS, ...)                           \
     8    {                                                 \
     9        psError(PS_ERR_UNKNOWN, STATUS, __VA_ARGS__); \
     10        psFree(view);                                 \
     11        return false;                                 \
     12    }
     13
    714bool ppImageDetrendReadout(pmConfig *config, ppImageOptions *options, pmFPAview *view)
    815{
    9   // psTimerStart("detrend.readout");
     16    // psTimerStart("detrend.readout");
    1017
    1118    // construct a view for the detrend images (which have only one readout)
    … …  
    1825
    1926    // Check that the gain is set (this is used by both pmReadoutGenerateMask and pmReadoutGenerateVariance)
    20     {
    21       float gain = psMetadataLookupF32(NULL, input->parent->concepts, "CELL.GAIN"); // Gain for cell
    22       if (!isfinite(gain)) {
    23         psMetadata *recipe = psMetadataLookupMetadata(NULL, config->recipes, RECIPE_NAME); // Recipe
    24         psAssert(recipe, "Should be there!");
    25         bool override = psMetadataLookupBool(NULL, recipe, "GAIN.OVERRIDE"); // Override the bad gain?
    26         if (override) {
    27           psWarning("CELL.GAIN is not set for readout (%d,%d,%d) --- setting to unity.", view->chip, view->cell, view->readout);
    28           psMetadataItem *item = psMetadataLookup(input->parent->concepts, "CELL.GAIN"); // Gain item
    29           psAssert(item, "Should be there!");
    30           item->data.F32 = 1.0;
    31 
    32           // for unity gain, there is no modification for the readnoise, note that it has (effectively) been updated
    33           psMetadataRemoveKey(input->parent->concepts, "CELL.READNOISE.UPDATE");
    34         } else {
    35           psWarning("CELL.GAIN is NAN for readout (%d,%d,%d), image will be masked.", view->chip, view->cell, view->readout);
    36         }
    37       }
     27    {
     28        float gain = psMetadataLookupF32(NULL, input->parent->concepts, "CELL.GAIN"); // Gain for cell
     29        if (!isfinite(gain))
     30        {
     31            psMetadata *recipe = psMetadataLookupMetadata(NULL, config->recipes, RECIPE_NAME); // Recipe
     32            psAssert(recipe, "Should be there!");
     33            bool override = psMetadataLookupBool(NULL, recipe, "GAIN.OVERRIDE"); // Override the bad gain?
     34            if (override)
     35            {
     36                psWarning("CELL.GAIN is not set for readout (%d,%d,%d) --- setting to unity.", view->chip, view->cell, view->readout);
     37                psMetadataItem *item = psMetadataLookup(input->parent->concepts, "CELL.GAIN"); // Gain item
     38                psAssert(item, "Should be there!");
     39                item->data.F32 = 1.0;
     40
     41                // for unity gain, there is no modification for the readnoise, note that it has (effectively) been updated
     42                psMetadataRemoveKey(input->parent->concepts, "CELL.READNOISE.UPDATE");
     43            }
     44            else
     45            {
     46                psWarning("CELL.GAIN is NAN for readout (%d,%d,%d), image will be masked.", view->chip, view->cell, view->readout);
     47            }
     48        }
    3849    }
    3950    // psLogMsg ("ppImage", 6, "check gain: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    … …  
    4354    bool hasVideo = false;
    4455    {
    45       // XXX test for GPC1? or CAN_HAVE_VIDEO in camera config?
    46       bool status = false;
    47       if (!input) goto done_video_check;
    48       if (!input->parent) goto done_video_check;
    49       if (!input->parent->parent) goto done_video_check;
    50       if (!input->parent->parent->hdu) goto done_video_check;
    51       if (!input->parent->parent->hdu->header) goto done_video_check;
    52       char *ptr = psMetadataLookupStr(&status,input->parent->parent->hdu->header,"CELLMODE");
    53       if (status) {
    54         psLogMsg ("ppImage.detrend", PS_LOG_DETAIL, "VIDEO: %d %d %d\n",(int) options->hasVideo,(int) options->useVideoDark, (int) options->useVideoMask);
    55         char *Vptr = strchr(ptr,'V');
    56         if (Vptr) {
    57           hasVideo = options->hasVideo = true;
    58           psLogMsg ("ppImage.detrend", PS_LOG_INFO, "VIDEO: %d %d %d\n",(int) options->hasVideo,(int) options->useVideoDark, (int) options->useVideoMask);
    59         }
    60       }
    61     }
    62     done_video_check:
     56        // XXX test for GPC1? or CAN_HAVE_VIDEO in camera config?
     57        bool status = false;
     58        if (!input)
     59            goto done_video_check;
     60        if (!input->parent)
     61            goto done_video_check;
     62        if (!input->parent->parent)
     63            goto done_video_check;
     64        if (!input->parent->parent->hdu)
     65            goto done_video_check;
     66        if (!input->parent->parent->hdu->header)
     67            goto done_video_check;
     68        char *ptr = psMetadataLookupStr(&status, input->parent->parent->hdu->header, "CELLMODE");
     69        if (status)
     70        {
     71            psLogMsg("ppImage.detrend", PS_LOG_DETAIL, "VIDEO: %d %d %d\n", (int)options->hasVideo, (int)options->useVideoDark, (int)options->useVideoMask);
     72            char *Vptr = strchr(ptr, 'V');
     73            if (Vptr)
     74            {
     75                hasVideo = options->hasVideo = true;
     76                psLogMsg("ppImage.detrend", PS_LOG_INFO, "VIDEO: %d %d %d\n", (int)options->hasVideo, (int)options->useVideoDark, (int)options->useVideoMask);
     77            }
     78        }
     79    }
     80done_video_check:
    6381    // psLogMsg ("ppImage", 6, "check video: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    6482
    … …  
    7492
    7593    // Masking on the basis of pixel value needs to be done before anything else, so the values are pristine.
    76     if (options->doMaskBuild) {
     94    if (options->doMaskBuild)
     95    {
    7796        psImageMaskType satMask = options->doMaskSat ? options->satMask : 0;
    7897        psImageMaskType lowMask = options->doMaskLow ? options->lowMask : 0;
    79         if (!pmReadoutGenerateMask(input, satMask, lowMask)) {
    80           psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to generate a mask.");
    81           psFree(detview);
    82           return false;
    83         }
    84         // psLogMsg ("ppImage", 6, "generate mask: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     98        if (!pmReadoutGenerateMask(input, satMask, lowMask))
     99        {
     100            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to generate a mask.");
     101            psFree(detview);
     102            return false;
     103        }
     104        // psLogMsg ("ppImage", 6, "generate mask: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    85105    }
    86106    // apply the externally supplied mask to the input->mask pixels
    87     if (options->doMask) {
    88       pmReadout *mask;
    89       if ((options->useVideoMask)&&(hasVideo)) {
    90         mask = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.VIDEOMASK");
    91       }
    92       else {
    93         mask = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.MASK");
    94       }
    95       pmMaskBadPixels(input, mask, options->maskValue);
    96       // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply mask: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     107    if (options->doMask)
     108    {
     109        pmReadout *mask;
     110        if ((options->useVideoMask) && (hasVideo))
     111        {
     112            mask = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.VIDEOMASK");
     113        }
     114        else
     115        {
     116            mask = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.MASK");
     117        }
     118        pmMaskBadPixels(input, mask, options->maskValue);
     119        // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply mask: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    97120    }
    98121
    … …  
    101124        // extern bool ppImageBurntoolApply(pmConfig *, ppImageOptions *, pmFPAview *, pmReadout *);
    102125        ppImageBurntoolApply(config, options, view, input);
    103         // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply burntool: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    104     }
    105    
    106     if (options->doMaskBurntool) {
    107         if (options->doApplyBurntool) {
     126        // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply burntool: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     127    }
     128
     129    if (options->doMaskBurntool)
     130    {
     131        if (options->doApplyBurntool)
     132        {
    108133            // build burntool mask from data input burntool table
    109             ppImageBurntoolMaskFromTable(config,options,view,input);
    110         } else {
     134            ppImageBurntoolMaskFromTable(config, options, view, input);
     135        }
     136        else
     137        {
    111138            // build burntool mask from data in the input image's fits extension
    112             ppImageBurntoolMask(config,options,view,input);
    113         }
    114         // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply burntool mask: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     139            ppImageBurntoolMask(config, options, view, input);
     140        }
     141        // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply burntool mask: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    115142    }
    116143
    117144    // Subtract the overscan
    118     if (options->doOverscan) {
    119       if (!pmOverscanSubtract (input, options->overscan)) {
    120         psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to subtract overscan.");
    121         psFree(detview);
    122         return false;
    123       }
    124       // psLogMsg ("ppImage", 6, "subtract overscan: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     145    if (options->doOverscan)
     146    {
     147        bool doTwoDOverscan = false;
     148        if (options->overscan->TwoD)
     149        {
     150            pmChip *chip = pmFPAfileThisChip(config->files, view, "PPIMAGE.INPUT");
     151            if (!ppImageDoPatternForView(&doTwoDOverscan, config, chip, view, RECIPE_NAME, "OVERSCAN.2D.SUBSET"))
     152            {
     153                ESCAPE(false, "Unable to determine whether 2D Overscan subtraction should be applied.");
     154            }
     155        }
     156        if (!pmOverscanSubtract(input, options->overscan, doTwoDOverscan))
     157        {
     158            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to subtract overscan.");
     159            psFree(detview);
     160            return false;
     161        }
     162        // psLogMsg ("ppImage", 6, "subtract overscan: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    125163    }
    126164
    127165    // measure the overscan-subtracted readoutBackground here (or subtract the overscan value?)
    128166    // XXX this is the measurements and should be independent of the pattern masking
    129     if (options->doPatternDeadCells) {
    130         psStats *stats = psStatsAlloc (PS_STAT_ROBUST_MEDIAN | PS_STAT_ROBUST_STDEV);
    131         psRandom *rng = psRandomAlloc(PS_RANDOM_TAUS);
    132         psImageBackground (stats, NULL, input->image, NULL, 0xffff, rng);
    133 
    134         // save this value somewhere
    135         pmHDU *hdu = pmHDUFromReadout(input);  // HDU of interest
    136         psMetadataAddF32(hdu->header, PS_LIST_TAIL, "BACK_VAL", PS_META_REPLACE, "Median cell background", stats->robustMedian);
    137         psMetadataAddF32(hdu->header, PS_LIST_TAIL, "BACK_ERR", PS_META_REPLACE, "Stdev of cell background", stats->robustStdev);
    138         psFree (stats);
    139         psFree (rng);
     167    if (options->doPatternDeadCells)
     168    {
     169        psStats *stats = psStatsAlloc(PS_STAT_ROBUST_MEDIAN | PS_STAT_ROBUST_STDEV);
     170        psRandom *rng = psRandomAlloc(PS_RANDOM_TAUS);
     171        psImageBackground(stats, NULL, input->image, NULL, 0xffff, rng);
     172
     173        // save this value somewhere
     174        pmHDU *hdu = pmHDUFromReadout(input); // HDU of interest
     175        psMetadataAddF32(hdu->header, PS_LIST_TAIL, "BACK_VAL", PS_META_REPLACE, "Median cell background", stats->robustMedian);
     176        psMetadataAddF32(hdu->header, PS_LIST_TAIL, "BACK_ERR", PS_META_REPLACE, "Stdev of cell background", stats->robustStdev);
     177        psFree(stats);
     178        psFree(rng);
    140179    }
    141180
    142181    // Non-linearity correction
    143     if (options->doNonLin) {
    144       if (!ppImageDetrendNonLinear(input,detview,config)) {
    145         psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to correct NonLinearity");
    146         psFree(detview);
    147         return(false);
    148       }
    149       // psLogMsg ("ppImage", 6, "nonlinear correction: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     182    if (options->doNonLin)
     183    {
     184        if (!ppImageDetrendNonLinear(input, detview, config))
     185        {
     186            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to correct NonLinearity");
     187            psFree(detview);
     188            return (false);
     189        }
     190        // psLogMsg ("ppImage", 6, "nonlinear correction: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    150191    }
    151192    // New Non-linearity correction (exclusive of the above)
    152     if (options->doNewNonLin) {
    153       if (!ppImageDetrendNewNonLinear(input, detview, config)) {
    154         psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to correct Non-Linearity with new version (2023)");
    155         psFree(detview);
    156         return(false);
    157       }
    158       // psLogMsg ("ppImage", 6, "nonlinear correction: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     193    if (options->doNewNonLin)
     194    {
     195        if (!ppImageDetrendNewNonLinear(input, detview, config))
     196        {
     197            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to correct Non-Linearity with new version (2023)");
     198            psFree(detview);
     199            return (false);
     200        }
     201        // psLogMsg ("ppImage", 6, "nonlinear correction: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    159202    }
    160203
    161204    // set up the dark and bias
    162     pmCell *dark = NULL;                // Multi-dark
    163     pmReadout *oldDark = NULL;          // Old-fashioned dark
    164     pmReadout  *bias = NULL;
    165     if (options->doBias) {
     205    pmCell *dark = NULL;       // Multi-dark
     206    pmReadout *oldDark = NULL; // Old-fashioned dark
     207    pmReadout *bias = NULL;
     208    if (options->doBias)
     209    {
    166210        bias = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.BIAS");
    167211    }
    168     if (options->doDark) {
    169         bool mdok;                      // Status of MD lookup
    170         psMetadata *recipe = psMetadataLookupPtr (&mdok, config->recipes, RECIPE_NAME);
     212    if (options->doDark)
     213    {
     214        bool mdok; // Status of MD lookup
     215        psMetadata *recipe = psMetadataLookupPtr(&mdok, config->recipes, RECIPE_NAME);
    171216        assert(mdok && recipe);
    172217
    173         if ((options->useVideoDark)&&(hasVideo)) {
    174           if (psMetadataLookupBool(&mdok, recipe, "OLDDARK")) {
    175             oldDark = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.VIDEODARK");
    176           } else {
    177             dark = pmFPAfileThisCell(config->files, detview, "PPIMAGE.VIDEODARK");
    178           }
    179         }
    180         else {
    181           if (psMetadataLookupBool(&mdok, recipe, "OLDDARK")) {
    182             oldDark = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.DARK");
    183           } else {
    184             dark = pmFPAfileThisCell(config->files, detview, "PPIMAGE.DARK");
    185           }
    186         }
     218        if ((options->useVideoDark) && (hasVideo))
     219        {
     220            if (psMetadataLookupBool(&mdok, recipe, "OLDDARK"))
     221            {
     222                oldDark = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.VIDEODARK");
     223            }
     224            else
     225            {
     226                dark = pmFPAfileThisCell(config->files, detview, "PPIMAGE.VIDEODARK");
     227            }
     228        }
     229        else
     230        {
     231            if (psMetadataLookupBool(&mdok, recipe, "OLDDARK"))
     232            {
     233                oldDark = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.DARK");
     234            }
     235            else
     236            {
     237                dark = pmFPAfileThisCell(config->files, detview, "PPIMAGE.DARK");
     238            }
     239        }
    187240    }
    188241
    189242    // Bias and temperature-independent-dark subtraction are merged.
    190     if (options->doBias) {
    191         if (!pmBiasSubtract(input, bias, oldDark, view)) {
     243    if (options->doBias)
     244    {
     245        if (!pmBiasSubtract(input, bias, oldDark, view))
     246        {
    192247            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to subtract bias.");
    193248            psFree(detview);
    194249            return false;
    195250        }
    196         // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply bias: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    197     }
    198    
     251        // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply bias: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     252    }
     253
    199254    // Weight on the basis of pixel value needs to be done after the overscan has been subtracted
    200     if (options->doVarianceBuild) {
     255    if (options->doVarianceBuild)
     256    {
    201257        // create the target mask and variance images
    202258        psImage *noiseImage = NULL;
    203         if (options->doNoiseMap) {
     259        if (options->doNoiseMap)
     260        {
    204261            // XXX convert the noiseMap image to a binned image
    205262            pmReadout *noiseMap = NULL;
    206263            noiseMap = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.NOISEMAP");
    207             noiseImage = psImageCopy (NULL, input->image, PS_TYPE_F32);
    208             psImageInit (noiseImage, 0.0);
     264            noiseImage = psImageCopy(NULL, input->image, PS_TYPE_F32);
     265            psImageInit(noiseImage, 0.0);
    209266
    210267            // XXX this works, but is not really quite right: the model shoud include the
    211268            // offset information, we are not really getting exactly the right mapping from the
    212269            // original file.
    213             // CZW 2012-03-21: I do not believe this is true anymore.  In any case, this seems to be what
    214             //                 ppImageReplaceBackground does to do sky subtraction.
     270            // CZW 2012-03-21: I do not believe this is true anymore.  In any case, this seems to be what
     271            //                 ppImageReplaceBackground does to do sky subtraction.
    215272            psImageBinning *binning = psImageBinningAlloc();
    216273            binning->nXruff = noiseMap->image->numCols;
    … …  
    220277            psImageBinningSetScale(binning, PS_IMAGE_BINNING_LEFT);
    221278
    222             psImageUnbin (noiseImage, noiseMap->image, binning);
    223             psFree (binning);
    224         }
    225 
    226         if (!pmReadoutGenerateVariance(input, noiseImage, true)) {
    227             psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to generate a variance image.");
    228             psFree(detview);
    229             return false;
    230         }
    231         psFree (noiseImage);
    232         // psLogMsg ("ppImage", 6, "generate variance: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    233     }
    234 
    235     if (options->doDark && dark) {
    236         if (!pmDarkApply(input, dark, options->darkMask)) {
     279            psImageUnbin(noiseImage, noiseMap->image, binning);
     280            psFree(binning);
     281        }
     282
     283        if (!pmReadoutGenerateVariance(input, noiseImage, true))
     284        {
     285            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to generate a variance image.");
     286            psFree(detview);
     287            return false;
     288        }
     289        psFree(noiseImage);
     290        // psLogMsg ("ppImage", 6, "generate variance: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     291    }
     292
     293    if (options->doDark && dark)
     294    {
     295        if (!pmDarkApply(input, dark, options->darkMask))
     296        {
    237297            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to subtract dark.");
    238298            psFree(detview);
    239299            return false;
    240300        }
    241         // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply dark: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    242     }
    243 
    244     if (options->doRemnance) {
     301        // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply dark: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     302    }
     303
     304    if (options->doRemnance)
     305    {
    245306        if (!pmRemnance(input, options->maskValue, options->lowMask,
    246                         options->remnanceSize, options->remnanceThresh)) {
     307                        options->remnanceSize, options->remnanceThresh))
     308        {
    247309            psError(PS_ERR_UNKNOWN, false, "Unable to mask remnance.");
    248310            psFree(detview);
    249311            return false;
    250312        }
    251         // psLogMsg ("ppImage", 6, "mask remnance: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     313        // psLogMsg ("ppImage", 6, "mask remnance: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    252314    }
    253315
    254316    // Shutter correction
    255     if (options->doShutter) {
     317    if (options->doShutter)
     318    {
    256319        pmReadout *shutter = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.SHUTTER");
    257         if (!pmShutterCorrectionApply(input, shutter, pmConfigMaskGet("FLAT", config))) {
    258             psFree(detview);
    259             return false;
    260         }
    261         // psLogMsg ("ppImage", 6, "shutter correction: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     320        if (!pmShutterCorrectionApply(input, shutter, pmConfigMaskGet("FLAT", config)))
     321        {
     322            psFree(detview);
     323            return false;
     324        }
     325        // psLogMsg ("ppImage", 6, "shutter correction: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    262326    }
    263327
    264328    // Flat-field correction (no options used?)
    265     if (options->doFlat) {
     329    if (options->doFlat)
     330    {
    266331        pmReadout *flat = pmFPAfileThisReadout(config->files, detview, "PPIMAGE.FLAT");
    267         if (!pmFlatField(input, flat, options->flatMask)) {
    268             psFree(detview);
    269             return false;
    270         }
    271         // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply flat: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    272     }
    273 
    274 /*     // Pattern noise correction */
    275 /*     if (options->doPattern) { */
    276 /*         if (!pmPatternRow(input, options->patternOrder, options->patternIter, options->patternRej, */
    277 /*                           options->patternThresh, options->patternMean, options->patternStdev, */
    278 /*                           options->maskValue, options->darkMask)) { */
    279 /*             psFree(detview); */
    280 /*             return false; */
    281 /*         } */
    282 /*     } */
     332        if (!pmFlatField(input, flat, options->flatMask))
     333        {
     334            psFree(detview);
     335            return false;
     336        }
     337        // psLogMsg ("ppImage", 6, "apply flat: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     338    }
     339
     340    /*     // Pattern noise correction */
     341    /*     if (options->doPattern) { */
     342    /*         if (!pmPatternRow(input, options->patternOrder, options->patternIter, options->patternRej, */
     343    /*                           options->patternThresh, options->patternMean, options->patternStdev, */
     344    /*                           options->maskValue, options->darkMask)) { */
     345    /*             psFree(detview); */
     346    /*             return false; */
     347    /*         } */
     348    /*     } */
    283349
    284350    // Normalization by a single (known) constant
    285     bool mdok;                          // Status of MD lookup
     351    bool mdok; // Status of MD lookup
    286352    float norm = psMetadataLookupF32(&mdok, config->arguments, "NORMALIZATION");
    287     if (mdok && isfinite(norm) && norm != 1.0) {
     353    if (mdok && isfinite(norm) && norm != 1.0)
     354    {
    288355        pmHDU *hdu = pmHDUFromReadout(input); // HDU of interest
    289         psString comment = NULL;        // Comment to add
     356        psString comment = NULL;              // Comment to add
    290357        psStringAppend(&comment, "Normalization: %f", norm);
    291358        psMetadataAddStr(hdu->header, PS_LIST_TAIL, "HISTORY", PS_META_DUPLICATE_OK, comment, "");
    … …  
    293360
    294361        psBinaryOp(input->image, input->image, "*", psScalarAlloc(norm, PS_TYPE_F32));
    295         // psLogMsg ("ppImage", 6, "renormalize: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    296     }
    297 
    298 # if (1)
     362        // psLogMsg ("ppImage", 6, "renormalize: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     363    }
     364
     365#if (1)
    299366    // Normalization by per-class values
    300367    psMetadata *normlist = psMetadataLookupMetadata(&mdok, config->arguments, "NORMALIZATION.TABLE");
    301     if (normlist) {
     368    if (normlist)
     369    {
    302370        pmFPAfile *inputFile = psMetadataLookupPtr(&mdok, config->files, "PPIMAGE.INPUT");
    303371
    304372        // get the menu of class IDs
    305373        psMetadata *menu = psMetadataLookupMetadata(&mdok, inputFile->camera, "CLASSID");
    306         if (!menu) {
     374        if (!menu)
     375        {
    307376            psError(PS_ERR_IO, false, "Unable to find CLASSID metadata in camera configuration");
    308377            psFree(detview);
    … …  
    311380        // get the rule for class_id for the desired class
    312381        const char *rule = psMetadataLookupStr(&mdok, menu, options->normClass);
    313         if (!rule) {
     382        if (!rule)
     383        {
    314384            psError(PS_ERR_IO, false, "Unable to find NORM.CLASS value %s in CLASSID in camera configuration", options->normClass);
    315385            psFree(detview);
    … …  
    318388        // get the class_id from the rule
    319389        char *classID = pmFPAfileNameFromRule(rule, inputFile, view);
    320         if (!classID) {
     390        if (!classID)
     391        {
    321392            psError(PS_ERR_IO, false, "error converting CLASSID rule %s to name\n", rule);
    322393            psFree(detview);
    … …  
    325396
    326397        // get normalization from the class_id
    327         float norm = psMetadataLookupF32 (&mdok, normlist, classID);
    328         if (!mdok) {
     398        float norm = psMetadataLookupF32(&mdok, normlist, classID);
     399        if (!mdok)
     400        {
    329401            psError(PS_ERR_IO, false, "failed to find class ID %s in normalization table\n", classID);
    330402            psFree(detview);
    … …  
    333405
    334406        pmHDU *hdu = pmHDUFromReadout(input); // HDU of interest
    335         psString comment = NULL;        // Comment to add
     407        psString comment = NULL;              // Comment to add
    336408        psStringAppend(&comment, "Normalization: %f", norm);
    337409        psMetadataAddStr(hdu->header, PS_LIST_TAIL, "HISTORY", PS_META_DUPLICATE_OK, comment, "");
    … …  
    341413        psBinaryOp(input->image, input->image, "*", psScalarAlloc(norm, PS_TYPE_F32));
    342414
    343         psFree (classID);
    344 
    345         // psLogMsg ("ppImage", 6, "renormalize by class: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    346     }
    347 # endif
    348 
    349     if (options->doFringe) {
     415        psFree(classID);
     416
     417        // psLogMsg ("ppImage", 6, "renormalize by class: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     418    }
     419#endif
     420
     421    if (options->doFringe)
     422    {
    350423        pmCell *fringe = pmFPAfileThisCell(config->files, detview, "PPIMAGE.FRINGE");
    351         if (!ppImageDetrendFringeMeasure(input, fringe, false, options)) {
    352             psFree(detview);
    353             return false;
    354         }
    355         // psLogMsg ("ppImage", 6, "measure fringe: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
     424        if (!ppImageDetrendFringeMeasure(input, fringe, false, options))
     425        {
     426            psFree(detview);
     427            return false;
     428        }
     429        // psLogMsg ("ppImage", 6, "measure fringe: %f sec\n", psTimerMark ("detrend.readout"));
    356430    }
    357431
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.